Deportes Quindío es el único equipo colombiano que nunca ha participado participó en la Copa Libertadores de América, ya que obtuvo su único título en 1956, época en la que todavía no se disputaba el torneo continental, que comenzó en 1960. En sus participaciones internacionales cuenta con dos actuaciones en la Copa Conmebol.

El Atlético Quindío, se inició de una forma curiosa, al decidir un grupo de personalidades del entonces municipio de Caldas crear un equipo de fútbol que representara los intereses de la ciudad y sus alrededores.

Por esta época, un equipo fue conformado por jugadores de la ciudad de Rosario, Argentina (de los clubes Atlanta, Tiro Federal y Rosario Central) para venir de gira por Colombia y el denominado Rosario Wanders se convirtió en el Deportes Quindío.

La primera nómina fue integrada por jugadores principalmente argentinos: Cuello, Bianchi, Maffei, Tissera, Sánchez, Gonzales, Lombardo, Carugno, Belén, Cazaubon, Gómez, Alarcón, Alfredo La Spina, Garelli, Mandarino, Urrutí y José «El Próspero» Fabrini, quien oficiaba como director técnico; Su estreno oficial se cumplió en Bogotá, frente al equipo de la Universidad Nacional, en el estadio Alfonso López Pumarejo de la Ciudad Universitaria de Bogotá.​ Un gol de Alfredo L'Spina fue suficiente para la victoria y un considerable recibimiento, al regresar, desde el aeropuerto El Edén, hasta las calles de Armenia.

​El 19 de marzo de 1951 (festivo de San José) en un terreno acondicionado como estadio en sólo 90 días, Deportes Quindío jugó su primer partido, como local, frente al Deportes Caldas, campeón del año anterior. Con marcador de 3-1, Deportes Quindío salió airoso. Esa tarde, en el Estadio San José, Roberto Segundo Urruti, más conocido como «Benitín», anotó dos goles y el tercero a cargo de Mario Garelli.

En 1953 fue cambiado el nombre por decisión del alcalde de Armenia para figurar en el campeonato como el Atlético Quindío, e incluyó los primeros criollos en su nómina: Jaime «Manco» Gutiérrez, Alejandro Carrillo, y Álvaro Lahidalga.

En el sexto año de vida futbolística el equipo milagroso logró su primer y hasta ahora única corona al proclamarse campeón en 1956.

Atlético Quindío estaba conformado en 1956 por Julio César Asciolo; Manuel Dante Pais, José Francisco Lombardo, Nelson «El Viejito» Vargas, Ricardo «El Pibe» Díaz, Álvaro Lahidalga; Alejandro Carrillo, Jaime «El Manco» Gutiérrez, Francisco Solano Patiño, Alejandrino Génes y Roberto «Benitín» Urruti; curiosamente, ostenta el hecho de ser el único campeón del fútbol profesional colombiano con sede en una ciudad no capital, pues en 1956 Armenia no había sido erigida capital del departamento del Quindío.

En la campaña del Segundo Semestre de 1996-97, guiado por el colombo-argentino Oscar Héctor Quintabani, ​el Quindío vivió el gran sueño, siendo la revelación y el protagonista del torneo en la búsqueda de la segunda estrella, la misma que se fue en escasos segundos frente a Atlético Bucaramanga. ​

En la temporada 1998 participa por primera vez en la historia en un torneo internacional oficial la Copa Conmebol 1998 en la que derrotó a Deportivo Italia en octavos de final (4-3) para luego caer con Sampaio Correa de Brasil en Cuartos (2-0), ​al año siguiente repite actuación en dicho certamen pero no pasa de octavos de final luego de caer en definición por penales ante Estudiantes de Mérida (5 a 3). ​

La temporada del 2000 el equipo vivió uno de sus momentos más difíciles al descender.

​10 meses después y de la mano del entrenador Eduardo Lara en el año 2001 durante el marco de la celebración de los 50 años del Deportes Quindío el Milagroso regresó a la Máxima Categoría.

En el  Apertura del 2008​ consiguió su primera participación en un cuadrangular semifinal de la mano del técnico Néstor Otero y con la destacada actuación de Iván Velásquez que se consolidó como Botín de oro.

En el 2010, luego de una decepcionante campaña en el Torneo Apertura, donde se ubicó en el último lugar de la tabla de posiciones, y tras la llegada de Fernando Castro al banco cuyabro, el equipo logró reponerse, y en el segundo semestre, fue protagonista llegando a los cuadrangulares semifinales.

​En el 2013,​ tras hacer un pobre Torneo Apertura y Torneo Finalización, ​descendió a la Categoría B. ​

Desde la Temporada 2013 el equipo ha estado cerca de lograr el ascenso y regreso a la Categoría A, pero no lo había logrado. ​En la Temporada 2014, en el Torneo Apertura, clasificó entre los ocho pero quedó eliminado en cuartos de final por el América de Cali.​ En el Torneo Finalización clasificó de nuevo y llegó a la final,​ donde quedó campeón del Torneo Finalización, clasificando a la Gran Final de la temporada por el ascenso Directo a la Categoría A.​ En la Gran Final enfrentó a Jaguares de Córdoba; ​en el partido de ida gana 2-0, ​pero en el de vuelta el equipo de Montería remonta y gana 3-0 y logra el ascenso.​ En la Serie de Promoción enfrentó al Uniautónoma; el partido de ida en Armenia queda 0-0 y el resultado de vuelta Barranquilla queda 2-0 a favor de Uniautónoma.

​En los Cuadrangulares de Ascenso 2015 enfrentó a Cúcuta Deportivo, Atlético Bucaramanga y Real Cartagena. En el partido decisivo frente a Cúcuta con el cual empató 3-3; hubo una polémica mano del futbolista Marco Lazaga. Al final ambos empataron en puntos, pero la diferencia de gol favoreció al Cúcuta Deportivo. ​

En la temporada 2020 no hubo ascenso a primera división; ​y en la temporada 2021-I se disputó la segunda parte del campeonato donde queda primero del Grupo B, luego fue ganador del torneo Betplay al vencer en la final al Cortuluá; ascendió y regreso a la Primera A después de siete años y medio para el Torneo Finalización 2021.

​La participación en primera división en el 2021 fue corta, pues solo contaba con 6 meses para mantener la categoría y remontar la desventaja que tenía con los demás equipos que llevaban varios puntos por encima, y solo había 20 fechas por disputar.

Aunque otros factores influyeron para que el equipo no lograra el objetivo de permanecer en la categoría, como la no contratación de jugadores de jerarquía, el pobre nivel físico debido al desgaste por el torneo de ascenso, bajo rendimiento de muchos de sus jugadores, lesiones de los deportistas, actuación presuntamente de algunos árbitros con arbitrajes “dudosos” en contra del equipo y la negativa de algunos jugadores a defender la casaca milagrosa por (según ellos) no mejorarles el sueldo, fueron factores que determinan que hoy Deportes Quindío permanezca como mínimo un año más en la categoría B.

Algunos datos:

Deportes Quindío ha hecho presencia en 4 torneos de la División Mayor del Futbol Colombiano (Dimayor):

Primera División (1951 – 2000) (2002 – 2013) (2021)

Segunda División (2001) (2014 – 2021) * actual

Copa Colombia (2008 – 2021) * actual

Liga Femenina (2017 – 2018)

Jugadores con más partidos histórico

Liga             Jorge Enrique Bermúdez             594

Torneo         Yeison Carabalí                         173

Copa            Jairo Roy Castillo                       42

Femenino     Lisa Cardoso / Yurani Marín        20

Goleador

Liga             Roberto Urruti                          94

Torneo         Wilson Carpintero                      31

Copa            Wilson Carpintero                      10

Femenino     Selena Mesa                             10

Arquero con más partidos

Liga             Alejandro Tissera                       219

Torneo         Julián Meza                               110

Copa            Cristian pinzón                          32

Femenino     Lisa Cardoso                             10

goleador en contra

Liga             Marcial Palavecino / Sergio Angulo        20

Torneo         Harol Preciado / Ferney Ríos                 4

Copa            Charles Monsalvo / Wilfredo de la Rosa  4

Femenino     Catalina Usme                                     6

Arquero con más goles recibidos

Liga             Alejandro Tissera                                 360

Torneo         Julián Meza                                         100

Copa            Cristian Pinzón                                    33

Femenino     Lisa Cardoso                                       39

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